Desenvolupen una base de dades que permet identificar els gens clau per a les infeccions bacterianes
Científics de la UAB i del CRG han creat una base de dades, anomenada BacFITBase, que cataloga els gens bacterians rellevants en els processos d’infecció d’organismes vius i facilitarà la identificació de noves dianes terapèutiques per produir nous antibiòtics.

Un equip de recerca del Departament de Bioquímica i Biologia Molecular de la Universitat Autònoma de Barcelona i del Centre de Regulació Genòmica (CRG) ha creat la base de dades BacFITBase. A partir de resultats d’experiments in vivo, els investigadors han catalogat de manera sistemàtica els gens bacterians que tenen rellevància en la invasió i la infecció de l’hoste. Tots els experiments considerats es basen en una tècnica anomenada mutagènesi per transposó, on uns fragments de DNA anomenats transposons són transferits als gens de l’organisme patogen, inactivant-los. D’aquesta manera es pot observar directament el seu paper en la infecció i determinar quins són essencials per infectar un organisme hoste específic. Així doncs, aquesta base de dades facilitarà la tasca d’identificar proteïnes diana per a la lluita contra les malalties infeccioses i accelerarà el desenvolupament de nous agents antimicrobians.
La base de dades conté més de 90.000 entrades amb informació sobre com contribueixen gens concrets dels bacteris patògens en condicions d’infeccions in vivo en cinc espècies diferents d’hoste. En total inclou informació de 15 bacteris (dues variants de Salmonella enterica, Haemophilus influenzae, Streptococcus pyogenes, Porphyromonas gingivalis, Mycobacterium avium, tres variants d’Escherichia coli, Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Serratia marcescens i Vibrio parahaemolyticus) i 5 vertebrats hoste (vaca, porc, pollastre, ratolí i conill) amb informació sobre 10 teixits diferents.
BacFITBase, publicada a la revista Nucleic Acids Research, ha estat desenvolupada pels investigadors del Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular de la UAB Javier Macho i Marc Torrent, juntament amb els investigadors del Centre de Regulació Genòmica (CRG) Benjamin Lang i Gian Gaetao Tartaglia.
Més informació:
La base de dades es pot consultar a:
http://www.tartaglialab.com/bacfitbase
Referència:
Macho Rendón, Javier; Lang, Benjamin; Tartaglia, Gian & Torrent, Marc. BacFITBase: a database to assess the relevance of bacterial genes during host infection. Nucleic Acids Research. (2019). DOI: 10.1093/nar/gkz931.