Desenvolupen una base de dades que permet identificar els gens clau per a les infeccions bacterianes

Les malalties infeccioses estan provocades per microorganismes patògens que tenen la capacitat d’entrar, colonitzar i créixer dins un organisme hoste, provocant una infecció. Cada cop hi ha més infeccions bacterianes arreu del món, però encara es desconeix el funcionament de molts dels mecanismes que hi ha darrere d’aquestes infeccions. Això és molt important perquè el desenvolupament de noves teràpies antimicrobianes recau, en bona part, en el coneixement que tenim dels mecanismes que hi ha darrere d’aquestes infeccions. Les proteïnes codificades pels gens bacterians són responsables dels milers de processos bioquímics que són necessaris per a una propagació eficient del patogen. Molts estudis demostren, però, que per identificar aquests gens cal tenir informació in vivo del que passa amb els bacteris quan actuen en un cas real dins d’un hoste. Els estudis in vitro, és a dir, amb cultius cel·lulars i bacterians recreats al laboratori, donen resultats que després no sempre es reprodueixen in vivo. Això és degut al fet que els gens del bacteri patogen que són essencials per produir les infeccions depenen de l’entorn de l’organisme que colonitzen.

Un equip de recerca del Departament de Bioquímica i Biologia Molecular de la Universitat Autònoma de Barcelona i del Centre de Regulació Genòmica (CRG) ha creat la base de dades BacFITBase. A partir de resultats d’experiments in vivo, els investigadors han catalogat de manera sistemàtica els gens bacterians que tenen rellevància en la invasió i la infecció de l’hoste. Tots els experiments considerats es basen en una tècnica anomenada mutagènesi per transposó, on uns fragments de DNA anomenats transposons són transferits als gens de l’organisme patogen, inactivant-los. D’aquesta manera es pot observar directament el seu paper en la infecció i determinar quins són essencials per infectar un organisme hoste específic. Així doncs, aquesta base de dades facilitarà la tasca d’identificar proteïnes diana per a la lluita contra les malalties infeccioses i accelerarà el desenvolupament de nous agents antimicrobians.

La base de dades conté més de 90.000 entrades amb informació sobre com contribueixen gens concrets dels bacteris patògens en condicions d’infeccions in vivo en cinc espècies diferents d’hoste. En total inclou informació de 15 bacteris (dues variants de Salmonella enterica, Haemophilus influenzae, Streptococcus pyogenes, Porphyromonas gingivalis, Mycobacterium avium, tres variants d’Escherichia coli, Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Serratia marcescens i Vibrio parahaemolyticus) i 5 vertebrats hoste (vaca, porc, pollastre, ratolí i conill) amb informació sobre 10 teixits diferents.

BacFITBase, publicada a la revista Nucleic Acids Research, ha estat desenvolupada pels investigadors del Departament de Bioquímica i de Biologia Molecular de la UAB Javier Macho i Marc Torrent, juntament amb els investigadors del Centre de Regulació Genòmica (CRG) Benjamin Lang i Gian Gaetao Tartaglia.

Més informació:
La base de dades es pot consultar a:
http://www.tartaglialab.com/bacfitbase

Referència:
Macho Rendón, Javier; Lang, Benjamin; Tartaglia, Gian & Torrent, Marc. BacFITBase: a database to assess the relevance of bacterial genes during host infection. Nucleic Acids Research. (2019). DOI: 10.1093/nar/gkz931.