Àcids Nucleics: Extracció, Quantificació i anàlisi de Qualitat
Extracció d'àcids nuclèics automatitzada (Mòdul A)
Es realitza amb el Maxwell® RSC, una plataforma per a extreure automàticament àcids nucleics (RNA, DNA, DNAc,...) de procedència diversa (animal o vegetals). El mètode de purificació llisa la mostra i l'àcid nucleic s'uneix a partícules paramagnètiques alliberant-se al final dins d’un tub eppendorf. Té capacitat per a extreure el material genètic amb una gran puresa i qualitat. L’equip permet treballar des d'1 fins a 16 mostres simultàniament i el procés només triga uns 50 minuts.
L'aparell és controlat per una Tableta amb software específic que facilita el seu ús.
NanoDrop ND-1000/2000 (Mòdul A i B)
El NanoDrop® ND-1000 és un espectrofotòmetre d’espectre total (220-750nm) que mesura concentracions amb 2µl de mostra, amb gran exactitud i reproductibilitat. Utilitza la tensió superficial de la gota per mantenir la mostra en el seu lloc i s’eliminen les cubetes de mesura. A més a més, el ND té la capacitat de mesurar mostres molt concentrades, sense necessitat de diluir-les (accepta 50X més de concentració que les mesures estàndards amb cubetes). Aquestes característiques el fan idoni pel mesurament de la concentració d’àcids nucleics i/o proteïnes per a determinar la seva qualitat i la seva concentració.
El software calcula automàticament la concentració dels àcids nucleics seguint la relació:
- 1 A260nm = 1 OD DNA = 50 µg/ml
- 1 A260nm = 1 OD RNA = 40 µg/ml
La concentració de proteïna es pot calcular per mostres a les quals els hi hem aplicat el mètode de Bradford, Pierce, Lowry, BCA o la mesura directa d'absorbància a 280 nm.
Tanmateix, es pot ajustar el coeficient d'extinció molar per a qualsevol proteïna. A més, l'aparell permet la conversió automàtica d'absorbància en concentració per mostres de BSA, Lisozim i IgG.
Equip:
- NanoDrop ND-1000 (Mòdul B)
- NanoDrop ND-2000 (Mòdul A)
Bioanalyzer/Labxip (Mòdul B)
El Bioanalyzer utilitza l’electroforesi capil·lar per separar els àcids nucleics i determinar el seu nivell d’integritat (mesura de la qualitat) i la quantitat.
És un mètode molt sensible i empra un sol microlitre de mostra, per això està molt indicat quan tenim molt poca quantitat de mostra, o bé la mostra és molt valuosa o està poc concentrada.
La detecció és per la fluorescència dels colorants propis d’Agilent que s’intercalen entre les molècules dels àcids nucleics.
Equip:
- Agilent 2100 Bioanalyzer
Servei:
L'usuari envia la mostra de DNA o RNA i a l'SGiEB la processem. Es requereix un mínim de 3 µl en tubs de 0.2 ml ben rotulats i enumerats i que corresponguin amb el nom de la sol·licitud d'assaig entregada.
Kits:
- DNA HS (11 mostres)
- DNA 1000 (12 mostres)
- RNA 6000 Nano/Pico (12 mostres)
TapeStation (Mòdul B)
Al igual que el Bioanalyzer 2100 (Agilent), la TapeStation consisteix en un sistema de microelectroforesi automatitzada dissenyada per poder determinar la longitud (parells de bases o base pairs) i realitzar controls de qualitat del DNA i l’RNA.
A diferència del Bioanalyzer, la TapeStation permet l'anàlisi d'una sola mostra (+ marcador de pes molecular o ladder) fins a un màxim de 15.
Per a més informació d'aquest equip i les diferències amb el Bioanalyzer, consulteu la notícia.
Equip:
- Agilent TapeStation 4150
Servei:
L'usuari envia la mostra de DNA o RNA i a l'SGiEB la processem. Es requereix un mínim de 3 µl en tubs de 0.2 ml ben rotulats i enumerats i que corresponguin amb el nom de la sol·licitud d'assaig entregada.
Kits:
- D1000
- D5000 High Sensitivity
- Genomic DNA
| Equipament | Volum utilitzat | Volum a entregar |
|---|---|---|
| Bioanalyzer | ||
| DNA 1000 | 1 µl | 3 µl |
| DNA High Sensitivity | 1 µl | 3 µl |
| RNA Nano | 1 µl | 3 µl |
| TapeStation 4150 | ||
| D1000 | 1 µl | 3 µl |
| D5000 High Sensitivity | 2 µl | 5 µl |
| Genomic DNA | 1 µl | 3 µl |
En cas que estigueu interessats en fer un assaig que requereixi algún altre kit, contacteu amb nosaltres.
Qubit (Mòdul B)
El Qubit és un espectrofotòmetre que utilitza fluorocroms específics per a mesurar àcids nucleics i proteïnes. A diferència del Nanodrop, el Qubit permet la quantificació de cadena simple o doble de DNA, la qual cosa fa que la mesura sigui molt més acurada. Les mesures al Qubit necessiten d'una preparació prèvia de la mostra i de l'elaboració d'una recta patró.
Cal considerar en els assajos de DNA de doble cadena que la concentració mesurada al Nanodrop pot arribar a ser fins a 10 vegades superior que la mesurada al Qubit. Per tant, s'ha de tenir en compte aquest efecte a l'hora de mesurar la concentració d'una mostra.
Equip:
- Qubit 2.0
Serveis:
- Reacció i quantificació: l'usuari envia la mostra de DNA o RNA i a l'SGiEB la processem. Es requereix un mínim de 2 µl en tubs de 0.2 ml ben rotulats i enumerats i que corresponguin amb el nom de la sol·licitud d'assaig entregada. Oferim els següents kits (veure l'apartat "Kits").
- Quantificació: només en règim d'autoservei.
Kits:
-
dsDNA HS Assay: 0.2–100 ng
-
dsDNA BR Assay: 2–1000 ng
-
ssDNA Assay: 1–200 ng
-
RNA Assay: 5–100 ng