Seqüenciació Massiva
L'SGB disposa del MiSeq d'Illumina per a dur a terme experiments de seqüenciació massiva. Aquesta tecnologia es basa en la seqüenciació per síntesi (en anglès sequencing by synthesis) de la mostra.
El MiSeq permet fer lectures de 50, 150, 250 i 300 pb. Pot produir fins a 50 milions de lectures en pair-end (llegir les dues cadenes del DNA), generant fins a 15 giga bases de seqüència.
Els kits associats al MiSeq permeten seqüenciar¿de novo¿o reseqüenciar genomes petits, RNA i small RNA, metagenòmica mitjançant seqüenciació de 16S i ChIP-Seq, entre d'altres. En tots els casos, cal la preparació d'una llibreria de la mostra, procés en el qual s'incorporen adaptadors als fragments de la llibreria per a poder seqüenciar-los.
| FlowCell | Reads |
|---|---|
| Nano (v2) | 1 milió |
| Micro (v2) | 4 milions |
| Version 2 (v2) | 15 milions |
| Version 3 (v3) | 25 milions |
| Cicles | |||
|---|---|---|---|
| Version 2 (v2) | 50 | 300 | 500 |
| Version 3 (v3) | 120 | 600 |
Cartrige:
Preparació llibreries:
- Nextera XT
- DNA Prep
- Metagenomica 16S
- TruSeq
- RNAseq
Mostres: Fins a 96 mostres/run. Es poden barrejar mostres de diferents espècies i que s'hagi preparat la llibreria mitjançant diferents aplicacions (p.e.,¿de novo, small RNA i metagenòmica de 16S), sempre que la la llargada de la lectura sigui la mateixa.
Capacitat: Fins a 96 mostres seqüenciant 300 bases de cada cadena per cadascun dels fragments de la llibreria de cada mostra. Això permet obtenir fins a 50 milions de lectures i generar 15 Gb de seqüència.