Sol·licitud d'assaig

Per als serveis al Mòdul B:

Actualment disposem de dues sol·licituds d’assaig diferenciades: Las Sol·licitud d’assaig genèrica i la Sol·licitud d’assaig especifica per NGS. És imprescindible que ens l’entregueu juntament amb les mostres o ens la envieu per correu electrònic. Si ens envieu mostres per missatger/correu, adjunteu-la amb les mostres.

a) Sol·licitud d’assaig genèrica:

1. Per a la Sol·licitud d’Assaig cal omplir els camps obligatoris (*) dels requadres A, D i E. Les sol·licituds que no continguin aquesta informació podran ser desestimades.

Usuaris UAB: número de projecte i número centre de cost
Usuaris externs: CIF de l’empresa

L’entrega dels resultats i qualsevol altra comunicació amb el client es farà per correu electrònic i/o telèfon (Ex: si no hi ha prou volum de mostra o primers, mostra mal etiquetada, etc.).

2. Per a les sol·licituds de seqüenciació Sanger:

Nom de les mostres: a ser possible, enumereu les mostres amb les vostres inicials (Ex: SGIEB01, SGIEB02). Utilitzar només caràcters alfanumèrics. Els noms que no siguin clars o senzills, poden portar a confusions i l’SGiEB no se’n fa responsable.
En cas de tenir moltes mostres, envieu per correu electrònic la taula Excel que se us facilitarà i que trobareu a la web del servei.
El volum i concentracions per reacció o seqüència són:


	Concentració mínima/ reacció	Volum mínim per a 1 seqüencia (µl)	Volum recomanat per a 2 seqüències Forward + Reverse (µl)
Plasmidi	100 ng/µl	2	4
Producte de PCR	20 ng/µl	2	4
Primer 5 µM	(1 µl)	2	4

En cas de no complir amb aquests requeriments de volum i concentració, contacteu-nos prèviament.

(¥) Les bandes d’agarosa retallades o els productes de PCR poc concentrats han d’anar acompanyades de la imatge del gel d’agarosa corresponent.•

Per a processar les mostres el mateix dia, cal que aquestes s’entreguin abans de les 11.30h. Les mostres entregades més tard es processaran el dia següent, de dilluns a dijous.
Els resultats s’envien al correu electrònic/s indicat/s al requadre “Dades de l’usuari” al cap de 1-2 dies hàbils depenent de l’ocupació del seqüenciador.

3. Per a les sol·licituds de seqüenciació de plasmidis complets:

Entregar mínim 4 plasmidis: 10 µl a 100 ng/ µl de plasmidi.
Anotar la mida aproximada del plasmidi (bp) i a ser possible, el tipus de vector o backbone (Ex: pGEX, pAAV-GFP, pUC19, pBluescript, pBR322, pGEMT, etc).
El tampó o buffer d’elució utilitzat en l’extracció del plasmidi es demana que sigui 10 mM Tris pH 8.0-8.5 o nuclease-free water.• Els plasmidis han d’estar lliure de contaminacions (DNA genòmic, RNA, enzims, sals, etc). Aquestes, afectaran a la preparació de la mostra, la seva seqüenciació i l’anàlisi.
Si el client no indica altra opció s’entregaran els resultats en format de dades via e-mail, en un termini màxim 1 setmana. 1 mes després del lliurament s’eliminaran les mostres sobrants segons PNT intern SGiEB/IT/0006. L’SGiEB manté la confidencialitat dels resultats generats.
El client amb la seva signatura expressa: conèixer i acceptar les condicions per la realització dels assaigs i entrega de mostres publicades a la web del servei entre elles omplir adequadament aquest document. L’acceptació implica el compromís de pagament de les despeses del treball independentment del seu resultat.
Per autoserveis caldrà ser usuari autoritzat, respectar les instruccions de treball de l’SGiEB i omplir els registres necessaris.
Podeu exercir els vostres drets d’accés, rectificació, supressió, oposició, limitació del tractament i portabilitat enviant la vostra sol·licitud al responsable del tractament per e-mail.

Per a qualsevol dubte, contacteu amb nosaltres a traves del nostre correu electrònic sgieb@uab.cat o per telèfon (Mòdul B) 935868945.

b) Sol·licitud per NGS

1. Per a la Sol·licitud per NGS cal omplir els camps obligatoris (*) dels requadres A, D i E. Les sol·licituds que no continguin aquesta informació podran ser desestimades.

Usuaris UAB: número de projecte i número centre de cost
Usuaris externs: CIF de l’empresa

2. L’entrega dels resultats i qualsevol altra comunicació amb el client es farà per correu electrònic i/o telèfon (Ex: si les mostres no passen el QC, no hi ha prou volum de mostra, mostra mal etiquetada, etc.).

3. Contacteu-nos per correu electrònic o telèfon i expliqueu-nos els detalls del vostre experiment d’NGS. Aquest contacte inicial és necessari per poder-vos assessorar i determinar si el projecte és viable al nostre Servei.

4. Entregar o enviar les mostres en bon estat de conservació: en gel o neu carbònica (DNA) o neu carbònica (RNA).

5. Per a formalitzar l’entrega de les mostres, ens haureu de facilitar les següents dades i enviar-nos-les per correu electrònic en una taula Excel amb la següent informació:

Nom mostra en format alfanumèric (sense espais ni guions, només “_”)
Tipus d’àcid nucleic (DNA genòmic, cDNA, RNA total, etc)
L’origen de la mostra: virus, eucariota, procariota i espècie (o en el seu defecte grup taxonòmic) o mostres complexes (aigües, femtes, fangs, etc).
Volum (µl)
Buffer d’elució utilitzat (nuclease-free water, low TE, Tris 10mM, etc).
Concentració (ng/µl): indicar si s’ha mesurat amb Nanodrop o Qubit.
Ratios: 260/280 i 260/230
Integritat de l’RNA: RIN (obligatori per a RNAseq). Per RNAseq, en cas que no s’aporti el valor del RIN es realitzarà l’anàlisi d’integritat a l’SGiEB.
Integritat del DNA i mida (bp): si no s’aporta informació, l’SGiEB realitzarà l’anàlisi per als assajos d’Oxford Nanopore.
Entregar les mostres en una placa de 96 pouets (0,2 ml) i ben segellada, si s’entreguen més de 20 mostres. Especificar les coordenades de cada mostra a la placa a l’arxiu Excel.
Per a l’entrega de pools de llibreries, cal especificar la mitjana dels fragments (bp) utilitzada per calcular la concentració (nM). A més, l’SGiEB realitzarà un control de qualitat previ amb la TapeStation. Si el pool no passa aquest control o si hi ha alguna anomalia, l’SGiEB us informarà per correu electrònic i/o telèfon. Important: caldrà enviar-nos la informació necessària per a fer el demultiplexing.
Els resultats NGS generats amb la plataforma d’Illumina s’enviaran per correu electrònic amb un enllaç compartit al núvol d’Illumina (Basespace). Caldrà registrar-se prèviament amb un compte propi (gratuït) a Basespace Sequence Hub Frankfurt. En el cas de la plataforma d’Oxford Nanopore, els resultats s’hauran de copiar en un disc dur extern aportat pel client (o per l’SGiEB, amb retorn), de manera temporal.
Les mostres i dades originals es guardaran durant màxim mig any (sis mesos). Per tant, és necessari generar una còpia de seguretat de les dades ja que l’SGiEB no se’n fa responsable passat aquest termini.
Els resultats s’entregaran al més aviat possible segons converses mantingudes prèviament amb el personal de l'SGiEB.
Les mostres queden codificades i es garanteix la seva traçabilitat.
El client amb la seva signatura expressa: conèixer i acceptar les condicions per la realització dels assaigs i entrega de mostres publicades a la web del servei entre elles omplir adequadament aquest document. L’acceptació implica el compromís de pagament de les despeses del treball independentment del seu resultat.
Per autoserveis caldrà ser usuari autoritzat, respectar les instruccions de treball de l’SGiEB i omplir els registres necessaris.

Per a qualsevol dubte o aclariment, contacteu amb nosaltres a traves del nostre correu electrònic sgieb@uab.cat o per telèfon (Mòdul B) 935868945.

Recordeu que:

Podeu exercir els vostres drets d’accés, rectificació, supressió, oposició, limitació del tractament i portabilitat de les dades personals enviant la vostra sol·licitud al responsable del tractament de dades a l’adreça: sgieb@uab.cat

Podeu obtenir informació addicional i detallada del tractament de les vostres dades personals en el següent enllaç

Sol·licitud d'assaig

Informació complementària