Nou equipament: TapeStation System
L’SGiEB disposa de la TapeStation 4150, el nou equipament d’Agilent per a realitzar el control de qualitat dels àcids nucleics.
Al igual que el Bioanalyzer 2100 (Agilent), la TapeStation consisteix en un sistema de microelectroforesi automatitzada dissenyada per poder determinar la longitud (parells de bases o base pairs) i realitzar controls de qualitat del DNA i l’RNA.
D’aquesta manera, l’SGiEB pretén adaptar-se als canvis que s’han anunciat des d’Agilent respecte a l’actual equipament, el Bioanalyzer 2100, retirat del mercat des de desembre del 2023.
Igualment, l’SGiEB continuarà utilitzant el Bioanalyzer 2100 (Agilent) fins a la liquidació dels reactius o finalització del producte, prevista pel 2030 segons Agilent.
Quines diferències hi ha entre la TapeStation i el Bioanalyzer?
- El suport del Bioanalyzer és un xip que requereix la preparació d’un gel (polímer amb un intercalant fluorescent) abans de carregar-hi les mostres. La ScreenTape s’utilitza com a suport i aquesta ja ve preparada per utilitzar-se directament (ready-to-use) sense preparació prèvia del polímer.
- En tots dos casos les mostres s’han de barrejar amb el buffer corresponent abans de carregar-hi les mostres. Tanmateix, la TapeStation té un sistema més automatitzat ja que injecta les mostres preparades directament a la ScreenTape.
- Hi ha menys risc de contaminació creuada en la TapeStation pel fet que una mostra corre per un sol carril. En canvi, el Bioanalyzer té entre 11-12 pous i 6 mostres migren consecutivament per un mateix carril.
- La ScreenTape té 16 carrils en total i permet fer la lectura d’una mostra solament (un carril). Això permet reutilitzar els carrils no utilitzats de la mateixa ScreenTape guardant-la a 4ºC durant dues setmanes. En el cas del Bioanalyzer, un xip no es pot reutilitzar encara que hagin sobrat pous per carregar.
- A part de l’índex d’integritat de l’RNA (RIN), la TapeStation permet fer una determinació d’índex d’integritat del DNA genómic (DNA integrity number o DIN) i cell-free DNA (%cfDNA), segons el kit.
- Segons Agilent, a diferència del Bioanalyzer, la TapeStation no permet l’anàlisi de microsatèl·lits, small RNA, microRNAs, mRNA ó RNA d’organismes amb composicions de rRNA irregulars.
- La TapeStation està certificada amb la Ecolabel ACT (Accountability, Consistency, Transparency).
Per a més informació sobre l'equipament consulteu aquí o a la pàgina web d'Agilent.
De moment, a l’SGiEB disposem dels següents kits:
| Equipament | Volum utilitzat | Volum mínim a entregar a l’SGiEB |
|---|---|---|
| Bioanalyzer | ||
| DNA 1000 | 1 µl | 3 µl |
| DNA High Sensitivity | 1 µl | 3 µl |
| RNA Nano 6000 | 1 µl | 3 µl |
| TapeStation 4150 | ||
| D1000 | 1 µl | 3 µl |
| High Sensitivity D5000 | 2 µl | 5 µl |
| Genomic DNA | 1 µl | 3 µl |
En cas que estigueu interessats en fer un assaig que requereixi algún altre kit, contacteu amb nosaltres.