Desarrollan una base de datos que permite identificar los genes clave para las infecciones bacterianas

Marc Torrent grup de recerca

Científicos de la UAB y del CRG ha creado una base de datos, llamada BacFITBase, que cataloga los genes bacterianos relevantes en los procesos de infección de organismos vivos y facilitará la identificación de nuevas dianas terapéuticas para producir nuevos antibióticos.

19/11/2019

Las enfermedades infecciosas están provocadas por microorganismos patógenos que tienen la capacidad de entrar, colonizar y crecer dentro de un organismo huésped, provocando una infección. Cada vez hay más infecciones bacterianas en todo el mundo, pero aún se desconoce el funcionamiento de muchos de los mecanismos que hay detrás de estas infecciones. Esto es muy importante porque el desarrollo de nuevas terapias antimicrobianas recae, en buena parte, en el conocimiento que tenemos de los mecanismos que hay detrás de estas infecciones. Las proteínas codificadas por los genes bacterianos son responsables de los miles de procesos bioquímicos que son necesarios para una propagación eficiente del patógeno. Muchos estudios demuestran, sin embargo, que para identificar estos genes es necesario tener información in vivo de lo que ocurre con las bacterias cuando actúan en un caso real dentro de un huésped. Los estudios in vitro, es decir, con cultivos celulares y bacterianos recreados en el laboratorio, dan resultados que luego no siempre se reproducen in vivo. Esto es debido a que los genes de la bacteria patógena que son esenciales para producir las infecciones dependen del entorno del organismo que colonizan.

Un equipo de investigación del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Universitat Autònoma de Barcelona y del Centro de Regulación Genómica (CRG) ha creado la base de datos BacFITBase. A partir de resultados de experimentos in vivo, los investigadores han catalogado de manera sistemática los genes bacterianos que tienen relevancia en la invasión y la infección del huésped. Todos los experimentos considerados se basan en una técnica llamada mutagénesis por transposón, donde unos fragmentos de ADN llamados transposones son transferidos a los genes del organismo patógeno, inactivando los mismos. De esta manera se puede observar directamente su papel en la infección y determinar cuáles son esenciales para infectar un organismo huésped específico. Así pues, esta base de datos facilitará la tarea de identificar proteínas diana para la lucha contra las enfermedades infecciosas y acelerará el desarrollo de nuevos agentes antimicrobianos.

La base de datos contiene más de 90.000 entradas con información sobre cómo contribuyen genes concretos de las bacterias patógenas en condiciones de infecciones in vivo en cinco especies diferentes de huésped. En total incluye información de 15 bacterias (dos variantes de Salmonella enterica, Haemophilus influenzae, Streptococcus pyogenes, Porphyromonas gingivalis, Mycobacterium avium, tres variantes de Escherichia coli, Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Serratia marcescens y Vibrio parahaemolyticus ) y 5 vertebrados huésped (vaca, cerdo, pollo, ratón y conejo) con información sobre 10 tejidos diferentes.

BacFITBase, publicada en la revista Nucleic Acids Research, ha sido desarrollada por los investigadores del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la UAB Javier Macho y Marc Torrent, junto con los investigadores del Centro de Regulación Genómica (CRG) Benjamin Lang y Gian Gaetao Tartaglia.

Más información:
La base de datos se puede consultar en:
http://www.tartaglialab.com/bacfitbase

Referencia:
Macho Rendón, Javier; Lang, Benjamin; Tartaglia, Gian & Torrent, Marc. BacFITBase: a database to assess the relevance of bacterial genes during host infection. Nucleic Acids Research. (2019). DOI: 10.1093/nar/gkz931.

 

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