Puesta al día del método de clasificación taxonómica del circovirus porcino tipo 2
El PCV2 provoca anualmente cuantiosas pérdidas económicas en el sector porcino. Desde hace unos años la vacunación ha sido el medio más efectivo de controlar las infecciones para este virus, aunque todavía existen muchas lagunas en numerosos aspectos patológicos, epidemiológicos y evolutivos. Desde la última propuesta de clasificación taxonómica del PCV2, presentada en el marco del proyecto Europeo del sexto programa marco, se ha incrementado significativamente el número de genomas del virus disponibles en el GenBank, especialmente con datos provenientes de China.
El estudio realizado ha clasificado y analizado todos estos genomas completos y parciales de PCV2 disponibles para evaluar el método y la clasificación taxonómica aceptada actualmente. Los resultados han indicado claramente la necesidad de un nuevo método de clasificación, ya que el método de umbrales aplicado en la última clasificación, basado en el histograma de frecuencias de las diferencias entre secuencias, es inadecuado para la situación actual, donde la variabilidad vírica es muy superior a la conocida en la anterior clasificación.
En el marco de este trabajo se ha propuesto un método alternativo, basado en posiciones marcadoras, mutaciones conservadas que permiten diferenciar grupos, para mantener la clasificación taxonómica actual basada en cuatro genotipos, y que al mismo tiempo sea rápido y de fácil aplicación a la hora de decidir a qué genotipos asignar una secuencia problema.
Departamento de Sanidad y Anatomía Animales (UAB)
joaquim.segales@uab.cat
Martí Cortey
Subprograma de enfermedades endémicas (IRTA-CReSA)
marti.cortey@irta.cat
Referencias
Franzo, Giovanni; Cortey, Martí; Olvera, Alex; Novosel, Dinko; Martins Gomes De Castro, Alessandra Marnie; Biagini, Philippe; Segalés, Joaquim; Drigo, Michele. Revisiting the taxonomical classification of Porcine Circovirus type 2 (PCV2): still a real challenge. Virology Journal. 2015, vol. 12, art. 131. doi: 10.1186/s12985-015-0361-x.
