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En los últimos años, la producción ganadera ha sufrido grandes cambios, lo que ha afectado la presencia de las enfermedades de los animales de granja, requiriendo medidas de control más sofisticadas. Al mismo tiempo, han aparecido nuevos métodos de diagnóstico basados en la secuenciación del material genético de los virus. La obtención de secuencias de nucleótidos permite el estudio de la evolución de los virus mediante reconstrucccions filogenéticas. Estas reconstrucciones se pueden utilizar para deducir características de los virus por su parecido con cepas ya conocidas y para realizar estudios epidemiológicos. Es decir, dos cepas de un mismo virus muy similar a nivel genético suelen compartir características como la virulencia hacia el huésped o la protección cruzada. Además, las reconstrucciones filogenéticas permiten seguir la evolución del virus y trazar el origen de un brote.

Al calcular reconstrucciones filogenéticas hay una serie de puntos a tener en cuenta. La selección de las secuencias a utilizar, el mejor de los métodos de reconstrucción filogenética y cómo evaluar la solidez del árbol filogenético obtenido pueden tener grandes repercusiones a la hora de obtener un análisis fiable. Recientemente, hemos realizado una revisión de estos puntos donde también se dan una serie de ejemplos de aplicaciones actuales y futuras de las recontrucions filogenéticas en el control de enfermedades de animales de granja.