La Facultat de Medicina està estructurada en 5 unitats docents. La Unitat Docent de Ciències Mèdiques Bàsiques al Campus de Bellaterra on s'imparteixen els cursos preclínics i 4 Unitats Docents Hospitalàries on es desenvolupen els cursos clínics.
Aquestes Unitats Docents Hospitalàries estan emplaçades al voltant de la universitat, en diverses ciutats. A Barcelona, l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau, l'Hospital Vall d'Hebron, a Badalona l'Hospital Universitari Germans Trias i Pujol i a Sabadell la Corporació Sanitària Parc Taulí.