La Facultad de Medicina está estructurada en 5 unidades docentes. La Unidad Docente de Ciencias Médicas Básicas, ubicada en el Campus de Bellaterra, donde se imparten los cursos preclínicos, y 4 Unidades Docentes Hospitalarias, donde se desarrollan los cursos clínicos.
Estas Unidades Docentes Hospitalarias están situadas en los alrededores de la universidad, en distintas ciudades. En Barcelona, el Hospital de la Santa Creu i Sant Pau y el Hospital Vall d'Hebron; en Badalona, el Hospital Universitario Germans Trias i Pujol; y en Sabadell, la Corporación Sanitaria Parc Taulí.