Grupo de Ingeniería de Bioprocesos y Biocatálisis Aplicada (2014-SGR-452)

Investigador Responsable: Dr. Francisco Valero Barranco

Estructura del grupo

El grupo está formado por investigadores del Departamento de Ingeniería Química, Biológica y Ambiental y la Planta Piloto de Fermentación de la UAB  [+]. En el grupo de investigación también participan investigadores del IQAC del CSIC en el campo de la Biocatálisis Aplicada. Operativamente el grupo se divide en tres laboratorios y un servicio de planta piloto de fermentación:

Laboratorio de Ingeniería de Bioprocesos
Coordinador Dr. Francisco Valero (contactar)

Laboratorio de Biología de Sistemas
Coordinador Dr. Pau Ferrer (contactar)

Laboratorio de Biocatálisis Aplicada
Coordinador Dr. Gregorio Álvaro (contactar)

Servicio de Planta Piloto de Fermentación (+)
Directora: Dra. Glòria Gonzàlez (contactar)
Responsable de Programación y Calidad: Dr. Antoni Casablancas (contactar)

Personal

Investigadores: Dr. Joan Albiol (Profesor Agregado); Dr. Gregorio Álvaro (Profesor Agregado); Dra. Mª Dolors Benaiges (Profesora Titular); Dra. Glòria Caminal (Científica Titular CSIC); Dr. Carles de Mas (Profesor Titular); Dra. Glòria González (Profesora Titular); Dr. Pau Ferrer (Profesor Agregado); Dr. Josep López-Santín (Catedrático de Universidad); Dr. José Luis Montesinos (Profesor Titular); Dr. Francisco Valero (Catedrático de Universidad).
Investigadores post-doctorales: Dr. Xavier García, Dra. Marina Guillén, Dr Peter Sutton
Investigadores pre-doctorales:  Natalia Alcover (FPI); Luis Miguel Vázquez (contratado proyecto); Kírian Bonet (PIF); Gerard Masdeu (FPI); Sergi Monforte (FPI); Xavier Ponte (PIF); Jordi Soler (PIF); Màrius Tomàs (FPU); Daniela Valencia (PIF), Miquel Garcia Bofill (PIF), Juan José Barreno, Javier Garrigós, Miguel Angel Nieto.

Descripción de la investigación
El objetivo global del grupo es el desarrollo de procesos biotecnológicos para la obtención de productos de interés para las industrias química, farmacéutica, alimentaria y el ámbito de la salud. Por consiguiente el grupo desarrolla sus actividades en el campo de la llamada Biotecnología Industrial (o Blanca).

Su interés se centra por un lado en la producción microbiana de proteínas recombinantes y moléculas de bajo peso molecular (bulk/fine chemicals) a partir de materias primas renovables, y por otro lado en procesos enzimáticos de síntesis estereoselectiva desarrollando metodologías y estrategias para obtener diversos productos:

  • Biocatalizadores estereoselectivos (aldolasas, lipasas, oxidoreductasas y transaminasas).
  • Productos de interés en el ámbito farmacéutico y de la salud: iminociclitoles, inhibidores de carboxipeptidasas (PIC), antiinflamatorios no esteroideos, proteínas recombinantes de uso terapéutico (enzimas, hormonas, fragmentos de anticuerpos, etc.)
  • Productos para la industria química y alimentaria: intermedios de síntesis química (aminas quirales, alcoholes), productos nutracéuticos, lípidos estructurales, biocombustibles (biodiesel), biolubricantes, etc.


Laboratorio de Ingeniería de Bioprocesos (contactar)
Los sistemas biológicos escogidos son el procariota E. coli y el eucariota P. pastoris. Se pretende desarrollar metodologías generalizables para establecer estrategias óptimas de operación aplicables a futuras proteínas diana.
Para alcanzar este objetivo global se pretende integrar y optimizar diferentes disciplinas, siendo comunes a ambos sistemas biológicos escogidos los objetivos que se enumeran a continuación:

  • Optimización del sistema de expresión a nivel genético
  • Metodologías generalizadas para establecer estrategias óptimas de operación en producción de proteínas recombinantes, principalmente en operación discontinua alimentada  (fed-batch) con cultivos de elevadas densidades celulares.
  • Monitorización, modelización y control de los procesos  de producción de proteínas recombinantes.
  • Determinación de las estrategias óptimas de crecimiento e inducción para maximizar la producción en términos de productividades y rendimientos.
  • Procesos eficientes e integrados de recuperación y purificación del producto.
  • Cambio de escala.
  • Producción de enzimas microbianos.
  • Producción de productos terapéuticos de uso animal y humano.

 

Laboratorio de Biología de Sistemas(contactar)
 
La ingeniería metabólica de sistemas biológicos se centra, fundamentalmente, en microorganismos (levaduras y bacterias), y tiene como objetivo principal la mejora dirigida de estas factorías celulares para su aplicación en bioprocesos, particularmente en la producción recombinante de proteínas en la levadura Pichia pastoris, así como la producción de compuestos químicos de bajo peso molecular (bulk/fine chemicals) en varias levaduras utilizando materias primas residuales como por ejemplo el glicerol proveniente de la síntesis de biodiesel.
Los objetivos de investigación hacen especial énfasis en la aplicación de herramientas, metodologías y principios de la Biología de Sistemas y Biología Sintética en el campo de la Ingeniería Metabólica. Concretamente, en el análisis fisiológico cuantitativo mediante diferentes plataformas analíticas de alto rendimiento u “ómicas” (transcriptómica, fluxómica y metabolómica) conjuntamente con el modelaje del metabolismo de factorías celulares en condiciones de bioproceso, como base de conocimientos para el diseño, construcción y mejora de cepas productoras (Biología sintética) y/o la optimización de procesos de fermentación.

Este programa de investigación tiene como objetivo global integrar y aplicar sus resultados en el contexto de la Ingeniería de Bioprocesos, complementando y colaborando estrechamente con el resto de líneas de investigación del grupo.

Laboratorio de Biocatálisis Aplicada(contactar)
 
El objetivo principal es la utilización de los biocatalizadores seleccionados, principalmente aldolasas, lipasas, aminotransferasas y oxidoreductasas para síntesis enantioselectivas. La Biocatálisis se ha desarrollado ampliamente en el ámbito de la producción de compuestos conocidos y es aquí donde se han conseguido los máximos logros de eficacia y sostenibilidad con el objetivo primario de obtener procesos sintéticos más eficientes. Ahora bien, existe muy poca implementación de la Biocatálisis en el campo de producir nuevas e innovadoras moléculas para el descubrimiento de nuevos fármacos, aditivos alimentarios, etc. En el grupo de investigación éste es un objetivo donde se invierten esfuerzos ya que las enzimas de trabajo escogidas permiten el acceso de manera sencilla a moléculas quirales complejas que no son tan fácilmente accesibles mediante las metodologías clásicas de la síntesis orgánica. Se pretende el diseño y operación de reactores enzimáticos en medios no convencionales y el desarrollo de procesos de síntesis enzimática en cascada.
Los objetivos generales de esta línea son:

  • Obtención de análogos de carbohidratos tipo imonociclitoles con actividad terapéutica potencial partiendo de moléculas sencillas mediante estrategias químico-enzimáticas en cascada.
  • Obtención de biocatalizadores inmovilizados estables. Modulación de la actividad enzimática.
  • Desarrollo de procesos multienzimáticos.
  • Modelización, optimización y diseño de biorreactores enzimáticos.
  • Producción de productos de interés farmacéutico estereoquímicamente puros.
  • Producción de productos de interés para la industria alimentaria (alimentos nutracéuticos, saborizantes).
  • Producción de productos de interés para la industria química (aminas quirales) y textil (moduladores de superficies de fibras sintéticas).
  • Desarrollo de procesos enzimáticos para la obtención de biocombustibles de segunda generación.
  • Desarrollo de procesos eficientes de oxidación utilizando oxidoreductasas.
  • Producción de lípidos estructurados (modificación de aceites y grasas).


Planta Piloto de Fermentación (+)
La Planta Piloto de Fermentación (PPF) tiene como misión promover la transferencia de conocimientos y experiencia en el desarrollo, mejora e innovación de bioprocesos a las empresas del sector farmacéutico, químico, veterinario y agro-alimentario, facilitando la implementación de tecnologías avanzadas a escala industrial que aporten competitividad a estas empresas.

La PPF ofrece soporte científico y tecnológico para el desarrollo de procesos enzimáticos y de cultivo de microorganismos a escala semi-industrial. El centro dispone de instalaciones y equipamiento aptos para el desarrollo de bioprocesos en biorreactor y para las etapas primarias de captura y recuperación de los productos.

En la web de la PPF (http://ppf.uab.cat/) se puede encontrar más información sobre las actividades del centro y de los proyectos que la PPF ha realizado en colaboración con empresas del ámbito biotecnológico.

Proyectos y contratos con empresas

• Título: Intensificación de Procesos Multienzimáticos.
Entidad Financiadora: Ministerio de Economia y Competitividad (MINECO)Programa Estatal de Investigación , Desarrollo e Innovación Orientada a los Retos de la Sociedad 2014 Ref. CTQ2014-53114-R. Investigador Principal: Gregorio Álvaro Campos i Josep López Santín
Desde 1-04-15 hasta a 30-03-18. Importe: 183.000 Euros.
• Título: Expanding the industrial use of Robust Oxidative Biocatalysts for the conversion and production of alcohols (ROBOX).
Entidad Financiadora: European Union. Horizon 2020. BIOTEC 3
Entidades participantes: DSM Chemical Technology R&D B.V.(Coordinador). 19 empresas y universidades. Universitat Autònoma de Barcelona (partner 16) y responsable del WP3.
Investigador responsable partner 16: Gregorio Álvaro Campos
Desde el 1 abril 2015 hasta el 30 marzo 2019. Importee: 491.283 €
• Título: Quantitative physiology and metabolic engineering of yeast for biorefinery/biofuels
Entidad Financiadora: Ministerio de Educación Cultura y Deporte, PHBT 14/01050
Entidades participantes: Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) y Universitat Autònoma de Barcelona
Investigador responsable: Dr Pau Ferrer Alegre
Desde 06-2015 hasta 12-2015. Importe: 3.456 €
• Título: Pichia pastoris como plataforma para la obtención de productos de interés biotecnológico.
Entidad Financiadora:. Cooperación Hispano-Brasileña. PHBP14/00087.
Investigador principal: Dr. Francisco Valero Barranco.
Desde 1-03-15 hasta a 01-03-17. Importe: 19.759 Euros.
• Título: Desarrollo integrado de producción enzimática de biodiesel de 2a generación.
Entidad Financiadora: MINECO CTQ2013-42391-R.
Investigador principal: Dr. Francisco Valero Barranco y Dr. Pau Ferrer Alegre.
Desde el 1-10-14 hasta a 30-09-16. Importe: 168.000 Euros.
• Título: Integrated Process and Cell Refactoring Systems for Enhanced Industrial Biotechnology (IPCRES)
Entidad Financiadora: ERA-IB (ERA-NET on Industrial Biotechnology)
Entidades participantes: University College London, UCL (Regne Unit), Jacobs University Bremen (Alemanya), SilicoLife (Portugal), Technical University of Denmark (Dinamarca), Ingenza (Escòcia), University of Strathclyde (Escòcia), BioProdict (Països Baixos), Universitat Autònoma de Barcelona.
Investigador responsable UAB: Dr Pau Ferrer Alegre. Coordinador: Dr Darren Nesbeth (UCL)
Desde el 1-04-2015 hasta el 31-03-2017. Importe: Subcontratación por servicios al grupo UAB: 8.000 €.
• Título: Producción de una lipasa/esterasa recombinante de Candida rugosa.
Entidad Financiadora: Petrobras (Brasil).
Investigador principal: Dr. Francisco Valero Barranco y Dra. Denise Freire.
Desde el 1-2-15 hasta el 1-1-16. Importe: 53.000 Euros.
• Titulo: Fortalecimiento de la línea de Biocatálisis Enzimática. Entidad Financiadora: Programa de Atracción e Inserción de Capital Humano Avanzado de la Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT) del Gobierno de Chile. Entidades Participantes: Departamento de Ingeniería Química de la UAB y Escuela de Ingeniería Bioquímica de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso. Investigador Responsable: Gregorio Álvaro y Andrés Illanes. Desde el 1 de julio de 2014-1 de Octubre de 2014 y desde el 1 de julio de 2016-1 de Octubre de 2016. Importe: 24.632€.
•Título:  Desarrollo integrado de producción enzimática de biodiesel de 2a generación. CTQ2013-42391-R.
Entidad financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad (MINECO).
Investigador principal:   Dr. Francisco Valero Barranco. Dr. Pau Ferrer Alegre
Desde 01- 2014 hasta 12-2016. Importe: 168.000 €
• Título: Red de Biotecnología Industrial Integrativa. Red de Excelencia 2015
Entidad financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad Bio2015-71824-REDT
Investigador principal:     Dr. Pau Ferrer Alegre.
Desde 12/2015 hasta 12/ 2017. Importe: 40.000 €
• Título: Biorefinería del glicerol: Desarrollo de la factoría celular Pichia pastoris para la bioconversión del glicerol crudo en productos de alto valor añadido. GliBioConver
Entidad financiadora: Ministerio de Economía y Competitividad CTQ2016-74959-R
Des de 12/2016 FINS31/12/2019 
• Título: Nuevas alternativas para la producción microbiana de enzimas y síntesis multienzimática estereoselectiva.
Entidad Financiadora: MICINN. CTQ2011-28398-CO2-01.
Investigador principal: Josep López Santín
Desde el 1 Enero 2012 hasta el 31 diciembre 2014. Importe: 123.000 €.
• Título: DIESEL-BIOTECH: Produzione de biodiesel per via biotecnologica.
Entidad Financiadora: FINLOMBARDA SPA (Itàlia)
Entidades participantes: Università degli Studi Milano-Bicocca, UNIMIB (Milà, Itàlia) y Universitat Autònoma de Barcelona.
Investigador responsable UAB: Dr Pau Ferrer Alegre; Coordinador: Marina Lotti (UNIMIB)
Desde el 10-2012 hasta a 03-2013. Importe: 200.000€(UNIMIB); subcontractación por servicios al Grupo UAB: 12.500€.
• Título: Producció de biodièsel per via biotecnològica
Entidad Financiadora: AGAUR, Generalitat de Catalunya. 2010 CONE3-00063
Entidades participantes: Universitat Autònoma de Barcelona
Investigador responsable: Dr Pau Ferrer Alegre
Desde el 10-2011 hasta el 03-2013. Importe: 19.640,3 €.
• Título: Producción de aromatizantes y lípidos estructurados mediante lipasas recombinantes.
Entidad Financiadora: MINECO. Acción integrada Hispano-Portuguesa. AIB2010PT-00199.
Investigador responsable: Dr. Francisco Valero Barranco y Dra. Suzana Ferreira-Dias.
Desde el 1-01-11 hasta el 31-07-13.
• Título: Integración de estrategias metabólicas y de Ingeniería de Bioprocesos para minimizar los problemas de producción y aplicación de enzimas industriales y terapéuticos en P. pastoris.
Entidad Financiadora: CICYT CTQ2010-15131
Investigador principal: Dr. Francisco Valero Barranco.
Desde el 1-01-11 hasta el 31-12-13. Importe: 240.000 Euros.
• Título: Producción, caracterización y uso de enzimas en biocatálisis; hidrolasas y oxidoreductasas.
Entidad Financiadora: MICINN. Programa Nacional de Internacionalización de la I+D. Acción integrada hispano-serbia: AIB2010SE-00122
Investigador principal: Dr. Josep López Santín
Desde el 1 enero 2011 hasta el 31 diciembre 2012. Importe: 7.850 €.
• Título: Implementing an Enzyme Engineering Technology Platform for the provision of tailor-made enzymes to biocatalytic synthesis (Eng Biocat) ERA-IB
Entidad Financiadora: MICINN. Programa Nacional de Internacionalización de la I+D: EUI2008-03615.
Entidades participantes: c-LEcta GmbH (Alemania) (Coordinador), Universitat Autònoma de Barcelona (partner 8), DSM Pharmaceutical Products (Holanda), BioSilta Oy (Finlandia), Bioingenium s.I.(España), Technical University of Denmark, Technische Universitaet Dresden (Alemania), University of Oulu (Finlandia), University Leipzig (Alemania)
Investigador responsable partner 8: Dr. Josep López Santín
Desde el 1 marzo 2009 hasta el 28 febrero 2012. Importe: 265.000 €.
• Título: Integrated biotechnological processes for the obtention of bioactive compounds (INBIOPRO).
Entidad Financiadora: MICINN. CTQ2008-00578.
Investigador principal: Josep López Santín
Desde el 1 enero 2009 hasta el 31 diciembre 2011. Importe: 150.000 €.
• Título: Desarrollo de estrategias y métodos vitícolas y enológicos frente al cambio climático. Aplicación de nuevas tecnologías que mejoren la eficiencia de los procesos resultantes (Deméter)
Entidad Financiadora: CDTI (proyecto CENIT)
Entidades participantes: 26 empresas i 31 grupos académicos.
Investigador principal: Dr. Pau Ferrer Alegre
Coordinador: Bodegues Torres S.A.
Desde el 01-01-08 hasta el 31-12-11.
• Título: Test Pichia pastoris as a cell factory to produce three different recombinant proteins.
Entidad Financiadora: Sandoz GmbH.
Investigador responsable: Dr. Francisco Valero Barranco, Dr. Pau Ferrer Alegre
Desde el 1-09-08 hasta el 30-04-10.

Publicaciones (2012-2015)
Ingeniería de Bioprocesos
• D. Calleja, J. Kavanagh, C. de Mas, J. López-Santín (2016). “Simulation and prediction of protein production in fed-batch E. coli cultures: an engineering approach”. Biotechnology and Bioengineering 113:772-782.
• Barrigón J.M., Valero F., Montesinos J.L. (2015). A macrokinetic model-based comparative meta-analysis of recombinant protein production by Pichia pastoris under AOX1 promoter. Biotechnology and Bioengineering. 112 (6):1132-1145.
• Pliego J., Mateos J.C., Rodriguez J., Valero F., Baeza M., Femat R., Camacho R., Sandoval G., Herrera-López E.J. (2015). Monitoring lipase/esterase activity by stopped flow in a sequential injection analysis system using p-nitrophenyl butyrate. Sensors. 15(2):2798-2811.
• Calleja D., Fernández-Castañé A., Pasini M., de Mas C., López-Santín J. (2014). Quantitative modeling of inducer transport in fed-batch cultures of E. coli. Biochemical Engineering Journal 91:210-219.
• Hemmerich J., Adelantado N., Barrigón J.M., Ponte X., Hörmann A., Ferrer P., Kensy F., Valero F. (2014). Comprenhensive clone screening and evaluation of fed-batch strategies in a microbioreactor and lab scale stirred tank bioreactor system: application on Pichia pastoris producing Rhizopus oryzae lipase. Microbial Cell Factories. 13:36.
• Barba V., Arnau C., Martínez M.J., Valero F. (2014). Production of a sterol esterase from Ophiostoma piceae in batch and fed-batch bioprocesses using different Pichia pastoris phenotypes as cell factory. Biotechnology Progress 30(5):1012-1020.
• García-Ortega X., Montesinos J.L., Valero F. (2013) Fed-batch operational strategies for recombinant Fab production with Pichia pastoris using the constitutive GAP promoter. Biochemical Engineering Journal 79:172-181.
• Lončar N., Bo?ić N., López-Santín J., Vujčić Z. (2013). Bacillus amyloquefaciens laccase- From soil bacteria to recombinant enzyme for wastewater decolorization. Bioresource Technology 147:177-183.
• Barrigón J.M., Montesinos J.L., Valero F. (2013). Searching the best operational strategies for Rhizopus oryzae lipase production in Pichia pastoris Mut+ phenotype: Methanol limited or methanol non-limited fed-batch cultures? Biochemical Engineering Journal 75:47-54.
• Valero F. (2012). Heterologous expression systems for lipases: a review. Methods in Molecular Biology. 861:161-178.
• Barrigón J.M., Ramón R., Rocha I., Valero F., Ferreira E.C, Montesinos J.L. (2012). State and specific growth estimation in heterologous protein production by Pichia pastoris. Aiche Journal. 58(10):2966-2979.
• Casablancas A., Cárdenas-Fernández M., Álvaro G., Benaiges M.D., Caminal G., de Mas C., González G., López C., López-Santín J. (2013). New ammonia lyases and amine transaminases: standardization of production process and preparation of immobilized biocatalysts. Electronic Journal of Biotechnology, 16(3):1-13.
• Ruiz J., Fernández-Castañé A., de Mas C., González G., López-Santín J. (2013). From laboratory to pilot plant E. coli fed-batch cultures: optimizing the cellular environment for protein maximization. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology 40:335-343.
• N. Bo?ić, J.M. Puertas, N. Lončar, C. Sans Duran, J. López-Santín, Z. Vujčić (2013) "The DsbA signal peptide-mediated secretion of a highly efficient raw-starch-digesting, recombinant α-amylase from Bacillus licheniformis ATCC 9945a. Process Biochemistry 48:438-442
• Fernández-Castañé A., Caminal G., López-Santín J. (2012). Direct measurements of IPTG enable analysis of the induction behavior of E. coli in high cell density cultures. Microbial Cell Factories 11:58.
• Fernández-Castané A., Vine C.E., Caminal G., López-Santín J. (2012). Evidencing the role of lactose permease in IPTG uptake by Escherichia coli in fed-batch high cell density cultures. Journal of Biotechnology, 157:391-398.

Biología de Sistemas
• X. Garcia-Ortega, N. Adelantado, P. Ferrer, JL. Montesinos, F. Valero, (2017) “A step forward to improve recombinant protein production in Pichia pastoris: From specific growth rate effect on protein secretion to carbon-starving conditions as advanced strategy” Process Biochemistry 51:681-691.
•M. Tomàs-Gamisans, P. Ferrer, J. Albiol (2016).  “Integration and Validation of the Genome-Scale Metabolic Models of Pichia pastoris: A Comprehensive Update of Protein Glycosylation Pathways, Lipid and Energy Metabolism”. Plos One, 11(1): e0148031
• E. Cámara, J. Albiol, P. Ferrer (2016). “Droplet Digital PCR-Aided Screening and Characterization of Pichia pastoris Multiple Gene Copy Strains”. Biotechnology and Bioengineering 113:1542-1551
•M.V. Gabarró, S. Gullón, R.L. Vicente, G. Caminal, R.P. Mellado, J. López-Santín (2017). “A Streptomyces lividans SipY deficient strain as a host for protein production: standardization of operational alternatives for model proteins”. Journal of Chemical Technology and Biotechnology 92: 217-223.
•M. Pasini, A. Fernández-Castané, A. Jaramillo, C. de Mas, G. Caminal, P. Ferrer (2015). “Using promoter libraries to reduce metabolic burden due to plasmid-encoded proteins in recombinant Escherichia coli”. New Biotechnology 33 (1).
• Jordà J., Cueto Rojas H., Carnicer M., Wahl A., Ferrer P., Albiol J. (2014). Quantitative metabolomics and instationary 13C-metabolic flux analysis reveals impact of recombinant protein production on trehalose and energy metabolism in Pichia pastoris. Metabolites 4:281-299.
• Jordà J., Santos de Jesus S., Peltier S., Ferrer P., Albiol J. (2014). Metabolic flux analysis of recombinant Pichia pastoris growing on different glycerol/methanol mixtures by iterative fitting of NMR-derived 13C-labelling data from proteinogenic amino acids. New Biotechnology 31:120-132.
• Ferrer P., Albiol J. (2014). 13C-Based metabolic flux analysis of recombinant Pichia pastoris. Methods in Molecular Biology. 1191:291-313.
• Ferrer P., Albiol J. (2014). 13C-Based metabolic flux analysis in yeast: The Pichia pastoris case. Methods in Molecular Biolology. 1152:209-232.
• Vázquez-Lima F., Silva P., Barreiro A., Martínez-Moreno R., Morales P., Quirós M., González R., Albiol J., Ferrer P. (2014). Use of chemostat cultures mimicking different phases of wine fermentations as a tool for quantitative physiological analysis. Microbial Cell Factories. 13:85.
• Saubí N., Gea-Mallorquí E., Ferrer P., Hurtado C., Sánchez-Úbeda S., Eto Y., Gatell J.M., Hanke T., Joseph J. (2014). Engineering new mycobacterial vaccine design for HIV-TB pediatric vaccine vectored by lysine auxotroph of BCG. Molecular Therapy – Methods and Clinical Development. 1:14017.
• Cole J., Ferrer P., Mattanovich D., Archer D. (2013). Recombinant Protein Production 6: A comparative view on host physiology. New Biotechnology. 30:246.
• Jordà J., Suarez C.A., Carnicer M., ten Pierick A., Heijnen J.J., van Gulik W., Ferrer P., Albiol J., Wahl A. (2013). Glucose-methanol co-utilization in Pichia pastoris studied by metabolomics and instationary 13C flux analysis. BMC Systems Biology 7:17.
• Quirós M., Martínez-Moreno R., Albiol J., Morales P., Vázquez-Lima F., Barreiro-Vázquez A., Ferrer P., González R. (2013). Metabolic flux analysis during the exponential growth phase of Saccharomyces cerevisiae in wine fermentations. PloS One. 8(8):e71909.
• Corchero J.L., Gasser B., Resina D., Smith W., Parrilli E., Vázquez F., Abasolo I., Giuliani M., Jäntti J., Ferrer P., Saloheimo M., Mattanovich D., Schwartz S. Jr, Tutino M.L., Villaverde A. (2013). Unconventional microbial systems for the cost-efficient production of high-quality protein therapeutics. Biotechnology Advances. 31:140-153.
• Jordà J., Jouhten P., Cámara E., Maaheimo H., Albiol J., Ferrer P. (2012). Metabolic flux profiling of recombinant protein secreting Pichia pastoris growing on glucose:methanol mixtures. Microbial Cell Factories. 11:57.
• Carnicer M., Canelas A.B., ten Pierick A., Zeng Z., van Dam J., Albiol J., Ferrer P., Heijnen J.J., van Gulik W. (2012). Development of quantitative metabolomics for Pichia pastoris. Metabolomics. 8:284-298.
• Carnicer M., Pierich A.T., Dam J.V., Heijnen J.J., Albiol J., Gulik W.V., Ferrer P. (2012). Quantitative metabolomics analysis of amino acid metabolism in recombinant Pichia pastoris under different oxygen availability conditions. Microbial Cell Factories. 11:83.

Biocatálisis Aplicada
•R.A. Rodríguez-Hinestroza, C. López, J. López-Santín, Ch. Kane, M.D. Benaiges, T. Tzedakis (2017). “HLADH-catalyzed synthesis of β-amino acids, assisted by continuous electrochemical regeneration of NAD+ in a filtre press microreactor”. Chemical Engineering Science 158: 196-207.
•C. Bahamondes, G. Álvaro, L. Wilson, A. Illanes (2016). “Effect of enzyme load and catalyst particle size on the diffusional restrictions in reactions of synthesis and hydrolysis catalyzed by α-chymotrypsin immobilized in glyoxal agarose”. Process Biochemistry.
•G. Masdeu, M. Pérez-Trujillo, J. López-Santín, G.Álvaro (2016).” Data on the identification and characterization of by-products from N-Cbz-3-aminopropanal and t-BuOOH/H2O2 chemical reaction in chloroperoxidase-catalyzed oxidations.”. Data in Brief. 8: 659-65.
•G. Masdeu, M. Pérez-Trujillo, J. López-Santín, G.Álvaro (2016).” Data on the identification and characterization of by-products from N-Cbz-3-aminopropanal and t-BuOOH/H2O2 chemical reaction in chloroperoxidase-catalyzed oxidations.”. Data in Brief. 8: 659-65.
•C. Bahamondes, L. Wilson, C. Bernal,  A. Illanes, G. Álvaro, F. Guzmán (2016). “Synthesis of the Kyotorphin Precursor Benzoyl-L-tyrosine-L-Argininamide with Immobilized  alfa-Chymotrypsin in Sequential Batch with Enzyme Reactivation” Biotechnology Progress. 32:54-59
• Hartwig Duarte S., del Peso Hernández G.L., Canet A., Benaiges M.D., Maugeri F., Valero F. (2015). Enzymatic biodiesel synthesis from yeast oil using immobilized recombinant Rhizopus oryzae lipase. Bioresource Technology. 183:175-180.
• Cárdenas-Fernandez M., Khalikova E., Korpela T., López C., Álvaro G. (2015). Co-immobilized aspartase and transaminase for high-yield synthesis of L-phenylalanine. Biochemical Engineering Journal 93: 173-178..
• Quintana P.G., Canet A., Marciello M., Valero F., Palomo J.M., Baldessari A. (2015). Enzyme catalyzed preparation of chenodeoxycholic esters by an immobilized heterologous Rhizopus oryzae lipase. Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic. 118:36-42 (2015).
• Lotti M., Pleiss J., Valero F., Ferrer P. (2015). Effects of methanol on lipases: Molecular, kinetic and process issues in the production of biodiesel. Biotechnology Journal. 10: 22-30.
• Canet A., Benaiges M.D. Valero F (2014). Biodiesel and monoglycerides production using immobilized 1(3)-positional specific recombinant Rhizopus oryzae lipase. Journal of American Oil Chemists’ Society 91:9 1499-1506.
• M. Pešić , N. Bo?ić , C. López , N. Lončar , G. Álvaro, Z. Vujčić (2014). Chemical modification of chloroperoxidase for enhanced stability and activity. Process Biochemistry 49: 1472-1479.
• Simoes T., Valero F., Tecelao, C., Ferreira-Dias S. (2014). Production of human milk fat substitutes catalyzed by a heterologous Rhizopus oryzae lipase and commercial lipases. Journal of American Oil Chemists’ Society 91:3 411-419.
• Pešić M., López C., Álvaro G., López-Santín J. (2013). From amino alcohol to aminopolyol: one-pot multienzyme oxidation and aldol addition. Applied Microbiology and Biotechnology 97:7173-7183.
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