• UABDivulga
18/06/2018

Química computacional fàcilment reproduïble gràcies a ESIgen

química computacionalo fácilmente
ESIgen és una aplicació web que permet generar resums de càlculs en química computacional de forma totalment automàtica. A través de les seves múltiples plantilles es poden aconseguir documents de suport a la publicació científica (Supporting Information) o informes tècnics adequats per a comunicacions internes durant el procés de recerca.
L'aplicació pot provar-se gratuïtament en http://esi.insilichem.com.

El progrés científic està íntimament vinculat a la comprovació constant dels resultats. Sense la validació d'altres membres de la comunitat, qualsevol avanç o assoliment pot quedar en res. Per a això, qualsevol comunicació científica ha d'anar acompanyada de dades que permetin reproduir els experiments realitzats.

No obstant això, un text replet de detalls tècnics pot convertir-se en un document pesat de llegir i seguir. Per això, la majoria de dades necessàries per a la validació dels experiments solen recollir-se en un document complementari denominat “Informació de suport” o, com se li coneix més comunament en anglès, “Supporting Information”.

Àdhuc entre els investigadors més acurats, recopilar totes aquestes dades és un treball tediós que pot acabar consumint moltes hores. En química computacional, implica recórrer desenes d'arxius a la recerca dels valors adequats per després copiar-los i pegar-los en un altre document. És un treball necessari, però dolorosament ineficaç. Afortunadament, tota aquesta labor es redueix a una sèrie d'accions repetitives fàcilment automatitzables amb ajuda de programació.

ESIgen és una utilitat concebuda per alleujar tot aquest procés. L'usuari només necessita carregar els fitxers pertinents en la interfície web i el servidor s'encarregarà d'extreure i presentar la informació rellevant de forma totalment automàtica. Finalment, l'usuari pot triar entre exportar tota la informació generada a serveis d'emmagatzematge de dades científiques, com FigShare o Zenodo , o descarregar les dades que li interessin al seu PC. S'ha posat especial èmfasi a proporcionar formats fàcilment incorporables a la recerca, encara que també és possible obtenir documents PDF llests per imprimir.

Per a usuaris avançats, ESIgen permet processar arxius en lot a través de la seva interfície de línia de comandos o mitjançant scripts en Python. Tot el codi és gratuït i està disponible en GitHub .
 

Jaime Rodríguez-Guerra
Departament de Química
Àrea de Química Física
Universitat Autònoma de Barcelona

Referències

Jaime Rodríguez Guerra Pedregal, Pablo Gómez-Orellana, Jean Didier Maréchal. ESIgen: Electronic Supporting Information Generator for Computational Chemistry Publications. J. Chem. Inf. Model., 2018, 58 (3), pp 561–564

L'aplicació pot provar-se gratuïtament en http://esi.insilichem.com.

 
View low-bandwidth version