Departament d'Innovació, Universitats i Empresa - www.gencat.cat/diue  
Les polítiques del Departament que afecten directament la integració del sistema universitari català a l'EEES són:
- les universitats: per mitjà de la programació universitària, el Departament fixa quins ensenyaments poden ser impartits i quins títols atorgats per cada una de les universitats catalanes;
- Espai Europeu del Coneixement (EEC): el Departament impulsa la creació de l'EEC a Catalunya (Espai Europeu d'Ensenyament Superior i Espai Europeu de Recerca).

Agència per a la Qualitat del Sistema Universitari de Catalunya (AQU Catalunya) - www.aqu.cat
AQU Catalunya té com a objectiu l'avaluació, l'acreditació i la certificació de la qualitat en l'àmbit de les universitats i dels centres d'ensenyament superior de Catalunya.

Consell Interuniversitari de Catalunya (CIC) - cic.eacat.net
Òrgan de coordinació de totes les universitats de Catalunya i de consulta i assessorament del govern de la Generalitat en matèria d'universitats. El seu objectiu principal és facilitar la coordinació entre la comunitat universitària i l'administració educativa.